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정모/2017.9.13

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* 다음 OMS : [이민욱] - Google I/O 2017
* InVivo, InVitro, InSilico
* 사실 컴퓨터적으로 문제를 푸는 과정이다.
* 한 가지 문제, 세포 내 핵의 단백질 (A,T,G,C)이 있다. DNA 복제에 관여하는 DNA Helicase라는 효소가 DFA를 반으로 분해하는데, 이것은 3'번 말단에서 5'번 말단으로만 갈 수 있다. 그리고, 해 C가 T로 변해버린다. 그래서 원래 이게 C였는지 T였는지 알 수 있는 방법이 없다. Leading Fragment는 Lagging Fragment보다 시토신 비율이 적다. 그 fragments들의 중점을 Origin of replication이라고 한다. 이 점을 중심으로 핵 내부 유전단백질의 비율을 계산 하면 문제를 풀 수 있다고 한다.
* 한 가지 문제, 세포 내 핵의 단백질 (A,T,G,C)이 있다. DNA 복제에 관여하는 DNA Helicase라는 효소가 DNA를 반으로 분해하는데, 이것은 3'번 말단에서 5'번 말단으로만 갈 수 있다. 그리고, 해 C가 T로 변해버린다. 그래서 원래 이게 C였는지 T였는지 알 수 있는 방법이 없다. Leading Fragment는 Lagging Fragment보다 시토신 비율이 적다. 그 fragments들의 중점을 Origin of replication이라고 한다. 이 점을 중심으로 핵 내부 유전단백질의 비율을 계산 하면 문제를 풀 수 있다고 한다.
* ex) 플라스미드 (내부의 대장균) 유전자 정보를 컴퓨터에 입력한다. 이 문제를 해결하기 위해선 Slidding WIndow라는 기법을 사용하는데, G와 C의 개수 차(GC_Skew)를 그래프로 나타내면 ㅅ모양이나 V모양이 나온다. 각 정점이 Origin of replication이 될 수 있다.
* 이제 파이썬으로 코딩을 해보겠다.
* fna확장자를 가진 파일을 읽어 와서(실습 땐 파일 하나만 쓰심) -> 절반 정도를 떼서 G와 C의 개수를 세서 그래프를 그렸다!


예정

* 정모는 18시 00분부터 이루어집니다.
* OMS : 이민규
* 진행 사항 공유
* 장소 : 310관 726호
* 스터디 및 프로젝트 - 활동지도/2017
* 컴공 동아리 전시작 받음
* 현대 자동차 공모전
* CPC 참가 안내
* 2017 DEVIEW
* 네이버 오픈소스 세미나
* SW 중심대학 멘토링 대책 회의
https://naver.github.io/OpenSourceGuide/book/Appendix/seminar.html
https://deview.kr/2017

진행

* OMS : 이민규 - Python으로 쉽게 배우는 생명정보학
* 다음 OMS : 이민욱 - Google I/O 2017
  • InVivo, InVitro, InSilico
  • 사실 컴퓨터적으로 문제를 푸는 과정이다.
  • 한 가지 문제, 세포 내 핵의 단백질 (A,T,G,C)이 있다. DNA 복제에 관여하는 DNA Helicase라는 효소가 DNA를 반으로 분해하는데, 이것은 3'번 말단에서 5'번 말단으로만 갈 수 있다. 그리고, 해 C가 T로 변해버린다. 그래서 원래 이게 C였는지 T였는지 알 수 있는 방법이 없다. Leading Fragment는 Lagging Fragment보다 시토신 비율이 적다. 그 fragments들의 중점을 Origin of replication이라고 한다. 이 점을 중심으로 핵 내부 유전단백질의 비율을 계산 하면 문제를 풀 수 있다고 한다.
  • ex) 플라스미드 (내부의 대장균) 유전자 정보를 컴퓨터에 입력한다. 이 문제를 해결하기 위해선 Slidding WIndow라는 기법을 사용하는데, G와 C의 개수 차(GC_Skew)를 그래프로 나타내면 ㅅ모양이나 V모양이 나온다. 각 정점이 Origin of replication이 될 수 있다.
  • 이제 파이썬으로 코딩을 해보겠다.
  • fna확장자를 가진 파일을 읽어 와서(실습 땐 파일 하나만 쓰심) -> 절반 정도를 떼서 G와 C의 개수를 세서 그래프를 그렸다!
  • 진짜 되네!
* 스터디 공유 :
* CPC 참가 해주세요!
* 컴공 동아리 전시작 받음
* 2017 Deview - 네이버에서 열리는 기술자 행사인데. 10월 16,17입니다. 9월 20일 15시 ~수강 신청 보다 빡셉니다!~
* 네이버 오픈소스 세미나 - 다음 주, 선릉역 근처에서 열립니다. 이곳 에서 신청하시기 바랍니다.
* SW 중심 대학 멘토링 대책 회의 - 멘토링/세미나 일정을 말해달라고 하십니다.
* Seoul Accord 지원금 받았습니다. 회계에 넣겠음.
* 네오콤마지에 동아리 소개, 활동 등을 투고하면 좋겠음 - 유재범
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last modified 2017-09-14 13:36:49
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